北京特许经营权交易所目前开展及拟开展的业务分为：特许商品交易、商业特许及经营权交易、政府许可（政府特许经营及经营权）在业务拓展及运营过程中目前会涉及到挂牌费、产品服务费、交易手续费、托管费几类费用。
目前在特许商品及商业特许经营权中所收取的费用为挂牌费、产品服务费、交易手续费、托管费。
挂牌发行费：以产品发售结束实际成交总额度5%标准收取；
产品挂牌服务费：在该业务初期产品发行前期一次性收取，按不同产品额度标准5—30万每只产品收取；
交易手续费：特许商品在交易过程中由卖方及买方成交时各缴付0.5%，作为交易手续费收取；
托管费：按每只产品额度及交易年度收取，目前暂不收取托管费。